Ekoloji problemləri yaradan əsas səbəblər uzun illər ərzində neft-qaz hasilatı və qazma işləri zamanı torpaqların neft və lay suları ilə çirkləndirilməsi, lay sularının idarə olunmaması səbəbindən neftlə çirklənmiş süni göllərin və gölməçələrin əmələ gəlməsi, neft emalı zamanı əmələ gələn tullantların ərazilərdə toplanmasından ibarətdir. 

Digər ekoloji problem kanalizasiya sistemlərinin vəziyyəti ilə əlaqədardır. Bakı şəhəri ərazisində  2008-ci il ərzində təqribən 536 mln. m3  həcmində tullantı suları formalaşmışdır ki, bundan da 144,5 mln. m3  tullantı suları təmizlənmədən dənizə və daxili su hövzələrinə axıdılıb. 

Tullantı suları ilə birlikdə su hövzələrinə neft məhsulları, asılı maddələr, sulfat birləşmələri, xlorid duzları, səthi aktiv maddələr, fenol və müxtəlif ağır metallar  atılır. 

Bakı şəhəri və Abşeron yarımadasının ən ciddi ekoloji problemlərindən biri də bərk tullantıların idarə olunması ilə bağlıdır. Yarımadada olan 5 məişət tullantıları poliqonunun ümumi sahəsi - 232,5 ha-dır. Qeyri-qanuni zibilliklərin sahəsi isə 448,6 ha-dır ki, bunların da sayı 128-dir. 

Rəsmi fəaliyyət göstərən poliqonlar ekoloji norma və standartlara cavab vermir. Belə ki, poliqonların əraziləri hasara alınmamış və nəzarət təşkil olunmamışdır, tullantılar boşaldılandan sonra torpaq qatı ilə örtülərək basdırılmır. Çeşidlənmə aparılmadığından təhlükəli və bir sıra sənaye tullantıları məişət tullantıları ilə birlikdə poliqonda yerləşdirilir. 2009-cu ildə aidiyyəti qurumlar tərəfindən Balaxanı tullantı poliqonunun vəziyyətinin yaxşılaşdırılması istiqamətində müəyyən tədbirlərin görülməsinə başlanmışdır. 

Atmosfer havasının çirklənməsi də Bakının əsas ekoloji problemlərdən biridir. Son illər əsasən köhnə avtomobillərin hesabına nəqliyyat vasitələrinin sayının artması, poliqonlarda tullantıların yandırılması səbəbindən atmosfer havasına atılan zərərli maddələrin miqdarının artması atmosfer havasının çirkləndirməklə ətraf mühit və insanların sağlamlığı üçün ciddi təhlükə yaradır.

Abşeron yarımadasında ümumi sahəsi 3325 ha qədər olan 200-dən artıq göl mövcuddur. Bu  göllərə il ərzində 41,5 mln. m3 çirkab sular axıdılır. Bu göllərin ətraf mühitə təsiri torpaqların deqradasiyaya uğraması və şoranlaşmasından, səviyyənin qalxması nəticəsində əlavə torpaq sahələrinin su altında qalmasından, buxarlanma nəticəsində karbohidrogenlər və digər zərərli maddələrin atmosferə atılmasından, yaşayış məntəqələrinə, müəssisələrinə, yollar və digər kommunikasiya xətlərinə xələl yetirilməsindən ibarətdir. 

Daha çox çirklənməyə məruz qalmış göllər- Böyük Şor, Bülbülə, Qırmızıgöl, Hacı Həsən və Çuxurdərə gölləridir. 

Abşeronun neft və neft məhsulları ilə ən çox çirklənmiş torpaq  sahələri Qaradağ, Binəqədi, Sabunçu, Suraxanı, Əzizbəyov və Səbail rayonlarının ərazilərindədir. 

Regiondakı mövcud ekoloji problemlərin planlı surətdə həll edilməsi məqsədilə Azərbaycan Respublikasının Prezidenti tərəfindən 28 sentyabr tarixində “Azərbaycan Respublikasında ekoloji vəziyyətin yaxşılaşdırılmasına dair 2006-2010-cu illər üçün Kompleks Tədbirlər Planı” təsdiq olunub. Bakı və Abşeron yarımadasının ekoloji durumunun sağlamlaşdırılmasında bu Tədbirlər Planının böyük əhəmiyyəti var.  

Kompleks Tədbirlər Planında ətraf mühitin mövcud vəziyyətinin bərpasına yönəldilmiş bütün əsas fəaliyyət istiqamətləri öz əksini tapıb. Belə ki, Bakı Buxtası, Bibi Heybət zonası, Heydər Əliyev adına Beynəlxalq Hava Limanının ətrafı, Abşeron yarımadasının gölləri, neftlə çirklənmiş torpaqlar, lay suları altında qalmış sahələrin və digər istehsal tullantıları ilə çirklənmiş ərazilərin ekoloji vəziyyətinin yaxşılaşdırılması, bərk məişət tullantılarının idarə olunması sxeminə uyğun Bakı və Sumqayıt şəhərlərində formalaşan tullantıların idarə olunmasının təkmilləşdirilməsi və s. məsələlər tədbirlər planında əks olunub. 

Bakı şəhərinin və Abşeron yarımadasındakı yaşayış massivlərinin kanalizasiyalaşdırılması, mövcüd təmizləyici qurğuların yenidən qurulması və yeni təmizləyici qurğuların  tikilməsi istiqamətində müvafiq təşkilatlar tərfindən tədbirlər görülür. 2009-cu ilin sonunda Hövsan Aerasiya Stansiyasının  rekonstrusiyasının başa çatdırılması və buxtaya axıdılan kanalizasiya sularının qarşısı alınaraq aerasiya stansiyasına yönəldilməsi Bakı buxtasının tədricən təmizlənməsinə müsbət  təsir edəcək. 

Xəzərin   ekoloji   vəziyyətinin   yaxşılaşdırılması   məqsədilə    Azərbaycan Respublikası Prezidentinin “Xəzər dənizinin çirklənmədən qorunması üzrə bəzi tədbirlər haqqında” Sərəncamlarından irəli   gələn   məsələlərin   həlli   istiqamətində beynəlxalq standartlara cavab verən modul tipli lokal çırkab su təmizləyici qurğular quraşdırılmışdır. Həmin qurğular İtaliya, ABŞ, Almaniya, Tayvan, Türkiyə, Fransa istehsalı olan avadanlıqlardan ibarətdir və Türkiyədə modulda komplektləşdirilib.  

Bu istiqamətdə 2009-cu ildə gündə 2325 m3 çirkab su təmizləmə gücünə malik 7 stansiya, ümumilikdə isə 2008-2009-cu illər ərzində gündə 6140 m3 çirkab sutəmizləmə gücünə malik 16 stansiya istismara verilib.

Bunun sayəsində çirkab sular ətraf mühit və insan sağlamlığına mənfi təsir göstərən inqrediyentlərdən (o cümlədən bəzi hallarda hər litrdə 2,3 milyon ədəd olan bağırsaq çöpü bakteriyalarından və normanı 100 dəfə üstələyən üzvi çirkləndiricilərdən) təmizlənərək 250-300 metrədək dənizin dərinliyinə axıdılır. Nəticədə aparılan monitorinq qısa zaman ərzində Xəzər dənizinin suyunun çirklənmə səviyyəsinin aşağı düşdüyünü göstərir.

Modul tipli çirkab su təmizləyici qurğulardan ibarət olaraq yaradılmış “Xəzər dənizinin ekoloji mühitinin mühafizəsi sistemi”nin fəaliyyəti nəticəsində Abşeron yarımadasının şimal hissəsini əhatə edən Bilgəh, Buzovna, Mərdəkan, Pirşağı, Nardaran, Novxanı və Sumqayıt sahilboyu 86 km-lik ərazilərində bataqlaşmış sahələrin və çirkab gölməçələrin 80%-i qurudularaq ekoloji tarazlıq bərpa olunub. 

Azərbaycan Xəzəryanı  dövlətlər  arasında  yeganə  ölkədir ki, dənizin  və  onun  akvatoriyasının   çirklənmədən   təmizlənməsi   üzrə   kompleks   tədbirləri  həyata keçirir. Bu tədbirlərin növbəti illərdə də davam etdirilməsi Xəzər akvatoriyasının daha da təmizlənməsi ilə nəticələnəcək və Abşeron yarımadasının Xəzər dənizini çirkləndirən mənbələr sırasından çıxarılmasına nail olunacaq.

Sumqayıt şəhərinin ətraf mühitinin ciddi çirklənməsinə səbəb olan 56422  kubmetr civə tərkibli toksiki tullantılar 2007-2009-cu illərdə, o cümlədən 2009-cu ildə  23,5 min m3-i görülmüş tədbirlər nəticəsində Təhlükəli Tullantılar Poliqonuna daşınaraq zərərsizləşdirilmiş və bu proses hesabat ilinin ortalarında tamamilə başa çatdırılıb.

Abşeron yarımadasının ekoloji durumunun sağlamlaşdırılması məqsədilə  çirklənmiş və sıradan çıxmış torpaqların bərpası ilə əlaqədar ETSN tərəfindən “Abşeron yarımadasının ekoloji vəziyyəti və onun yaxşılaşdırılması üçün zəruri Tədbirlər Proqramı” və “Bibiheybət zonasının ekoloji vəziyyəti və onun yaxşılaşdırılması üçün zəruri Tədbirlər Proqramı” hazırlanıb və nəzərdə tutulmuş tədbirlərin həyata keçirilməsi istiqamətində işlər görülür.

Azərbaycan Dövlət Neft Şirkəti tərəfindən neftlə çirklənmiş torpaqların təmizlənməsi istiqamətində pilot layihələr həyata keçirilir. Köhnə neft mədəni olan və neft tullantıları ilə çirklənmiş Bibiheybət ərazisində aparılmış rekultivasiya işləri nəticəsində torpaqlar təmizlənib və ərazinin yaşıllaşdırılması tədbirləri həyata keçirilib.